В варасский этап (конец карбона и начало перми) в ороген были
включены и прилегающие к древнему щиту 
зоны, 
сложенные верх-
непалеозойскими породами, образующими следующую ступень (ярус)
структур.
Пермских, триасовых и юрских отложений 
в 
Центральных 
Кы-
Зылкумах нет. В это время здесь происходило выравиивание рельефа
и образование мощной коры выветривания, 
а 
накопление матернала
шло в придегающих с севера и юго-запада _ депрессиях.
Из сопоставления разрезов пород 
мелового возраста 
Централь-
ных Кызылкумов видно, что континентальные красноцветные породы
чередуются 
© морскими сероцветными, характеризующими 
альбскую,
мижнетуронскую и сенонскую трансгрессии,
Падеогеновое море наступало с 
юга, при 
этом 
в палеоценовую
эпоху оно захватило только`юго-западную часть, 
В районе 
Султан-
Санджарского поднятия 
палеогеновые отложения 
состоят из › приб-
режных песчано-глинистых слоев с явлением загипсованности, присут-
ствием гравия, мелкой гальки и 
желваков 
фосфоритов. Центральные
Кызылкумы в это время представляли собой сильно сглаженную рав-
мину, сложенную сенонскими образованиями с отдельными возвышен-
ностями палеозойских пород на 
юго-востоке,
Раннезоценовая трансгрессия захватида все Кызылкумы, при этом
установился режим открытого теплого моря с нормальной 
соленостью.
н фауной фораминифер, 
В низах 
`нижнезоценовых 
слоев для 
Цент-
ральных Кызыдкумов отмечается тот же характер отложений © тер-
ригенным материалом 
и галькой фосфорита, что 
и для 
низов палео-
цена_юга,
В среднезоценовое и верхнезоценовое время, по-видимому, были
затоплены все понижения сенонской равнины, 
сохранились 
лиШь от
дельно возвышающиеся острова_палеозоя,
В средием и позднем зоцене и в олнгоцене в низовьях Амударьи
сохранялся режим мелководных морских бассейнов; 
в 
Центральных
Кызылкумах шло образование красноциетных глин, 
мергелей и 
пес-
чаников, указывающих 
на прибрежную фацию мелководного моря.
В мноцене морской 
`режим 
сменился - лагунно-континентальным;
осадконакопление (формирование_красно-бурых 
глин) шло в 
сохра:
мившихся 
после 
отступания моря лагунах в 
условиях 
слабовсхол!
ленного рельефа..
На западе, в 
низовьях Амударьи, по-видимому, существовал еще
морской 
режим. Море здесь 
было 
весьма 
непостоянным, 
береговая
линия его то отступала дадеко 
на 
запад (в раннем мноцене), то внов
наступала на восток (в средне- 
и 
позднемноценовое время). `Наиболь
шего развития ` морская 
трансгрессия 
достигла 
в нижне-сарматское
время, но территория Кызылкумов ею не была захвачена.
Начиная со средиего сармата н до конца среднего _ плиоцена мо-
ре далеко отступило на запад. 
В позднем плиоцене в низовьях Аму-
дарьи был распространен апшерон-акчагыльский опресненный бассейн,
который, возможно, проникал в северо-западную часть 
Кызылкумой
(котловина Базаубай). 
В Центральных 
`Кызылкумах с миоцена уста:
навливались лагунно-континентальные условия, сменившиеся 
в Плио-
цене континентальными, Таким образом, в конце палеогена и начале
меогена 
наметился первый этап формирования современного рельефа.
В конце миоцена наметился второй этап формирования современ-
ного рельефа, что выразилось в росте ранее созданных ‹ 
возвышенно-
стей и образовании новых.