Экосистемы обычно складываются в результате длительной эволюции
и 
находятся 
в 
постоянном 
развитии. 
©Они 
обладают — свойствами
саморегуляции и до некоторой степени способны противостоять изменениям
окружающей среды.
В пределах одного водоема можно различить несколько входящих
друг в друга экосистем, каждая из которых имеет свой биоценоз и биотоп.
Размеры биотопа могут сильно отличаться - от водоема в целом до
разлагающегося животного или растительного остатка.
Наиболее различающимися между собой 
биотопами 
в 
водоеме
являются пелагиаль (толща воды) и бенталь (дно водоема). Этим биотопам
соответствуют два крупных сообщества: пелагос (обитатели толщи воды) и
бентос (обитатели дна). Пелагос подразделяется на планктон и нектон. В
планктон 
входят 
организмы, 
неспособные 
противостоять 
течению 
и
переносимые вместе с потоком воды. К нектону относятся достаточно
крупные животные, передвигающиеся независимо от тока воды.
В процессах самоочищения пресноводных водоемов основную роль
играют организмы бентоса и планктона. Растительный мир - называют,
соответственно, фитобентос и фитопланктон, а животный - зообентос и
зоопланктон.
В реках фито- и зоопланктон довольно равномерно распределены по
вертикали с некоторым преобладанием в прибрежных зонах. Фитопланктон
представлен 
в 
основном 
диатомовыми 
и 
зелеными 
водорослями. 
В
зоопланктоне 
доминируют 
коловратки, 
много 
ветвистоусых — рачков,
количество простейших невелико. Состав бентоса определяется качеством
грунта. 
Наибольшее видовое разнообразие 
организмов наблюдается на
каменистом грунте, а наибольшее количество биомассы при малом видовом
разнообразии характерно для иловых грунтов. Содержание бактерий в воде
рек достигает нескольких миллионов на 1 мл и значительно увеличивается во
время паводков, а также вблизи мест сброса сточных вод.