Первая политика государства в осуществлении реформ в водном секторе приходилась на 1999 год, что было начато с постепенного внедрения института ассоциаций водопотребителей (АВП) в зонах где ширкатные хозяйства плавно — переорганизованы в — индивидуальные — хозяйства (дехканские и фермерские). Вторая часть официальной аргументации правительством реформ в водном секторе, что началась в 1999 году было желание государства внедрять принципы рыночной экономики в управление водными ресурсами. Созданы тысячи индивидуальных хозяйств, что практически обусловил острую необходимость в создании хоть какого-то механизма распределения водных ресурсов среды маленьких хозяйств и это было одним из основных двигателей изменений 1999 года. Объединение министерства сельского хозяйства и министерства мелиорации и водного хозяйства До 1996 года министерство сельского хозяйства и министерство мелиорации и водного хозяйства существовали как отдельные министерства и служили народному хозяйству, что было продолжением с советских времен. В конце 1996 года две министерства были объединены в министерства сельского и водного хозяйства как новая организация со своей новой структурой показанной на рисунке. Развитие в управлении водными ресурсами в годы независимости включает создание объединенного министерства сельского и водного хозяйства как основного уполномоченного государственного органа по управлению водными ресурсами на базе двух отдельных министерств и переход от административно-территориальной на бассейновую систему управления водными ресурсами основанного на гидрографический принцип. Системы бассейнового управления водными ресурсами созданы в 2003 году. Объединение двух министерств в 1997 году является результатом более широких организационных изменений и частью широкомасштабных реформ. При этом не стояла задача о создании двух однозначно важных управлении в рамках одного министерства. Переход на систему бассейновое управление водными ресурсами в 2003 году был отделение задач внутри одного министерства и шаг, сделанный в перед министерством сельского и водного хозяйства в целом с сторону ограничения вмешательства со стороны хокимов туманов и вилоятов на его задачи, передачи части своих полномочий, ответственности и обязанностей организациям общественного сектора. Таким образом в исполнении Постановлением Кабинета Министров РУз No 419 от 1996 года бывшие две самостоятельные министерства, т.е. министерство сельского хозяйство и министерство мелиорации и водного хозяйства которое существовало с 1927-1928 годов были официально объединены и на их месте создано новая единая централизованная организация — министерство сельского и водного хозяйство (МСВХ) 127