Возвратные воды являются главным источником загрязнения водной среды
региона. В КДВ превалируют сульфаты, хлориды и ионы натрия. В их составе
содержатся также пестициды, соединения азота и фосфата. Установлено, что в
коллекторы с орошаемых полей выносится в среднем до 25% азота, 5% фосфата и
до 4% пестицидов от внесенного количества. Их концентрация в коллекторном стоке
в 5-10 раз и более превышает ПДК. Содержание минерализации и главных ионов
повышается от горных районов к равнинным.
Созданная Центрально-Азиатская водохозяйственная система обеспечивала
управляемость водными ресурсами региона. Существующие соглашения являются
актами рамочного типа, они устанавливают основные направления сотрудничества
без нормирования механизма их реализации, конкретных показателей и охраны вод.
В связи с этим, развитие водных отношений между странами ЦАР в части охраны
водных ресурсов и рационального использования характеризуются как недостаточно
эффективные.
Наличие объективных противоречий национальных интересов среди стран
ЦАР является основным фактором, затрудняющим региональной правовой базы
водных и экологических взаимоотношений.
Вследствие 
сложившейся 
ситуации, 
основными 
экологическими 
проблемами
региона, связанными с использованием трансграничных водных объектов являются:
е — общий дефицит водных ресурсов;
е — загрязнение водных ресурсов;
е — проблема управления водными ресурсами на региональном уровне.
Техническое состояние гидрологической и гидрохимической наблюдательной
сети 
на 
трансграничных 
реках 
в 
последние 
годы 
значительно 
ухудшилось, 
а
тенденция ее деградации начинает приобретать необратимый характер.
В связи с создавшейся ситуацией 
приобретает 
первостепенную 
важность
проблема восстановления численности и технического состояния наблюдательной
сети. 
В 
рамках 
этой 
проблемы 
особое 
внимание 
должно 
быть 
уделено
строительству и оснащению современным оборудованием 
и средствами связи
стационарных постов мониторинга в пограничных створах трансграничных рек. До
сих пор не решена проблема учета возвратных вод.
Анализ коренных причин
Основные экологические проблемы связаны:
е — с решением водохозяйственных проблем:
е — борьбой с качественным «истощением» водных ресурсов;
е 
повышением степени комплексности при использовании земельно-водных
ресурсов.
Общий дефицит водных ресурсов вызван:
е — неравномерностью образования и распределения водных ресурсов;
е 
— устаревшими нормативами, используемыми при распределении стока между
странами ЦАР;
е — нерациональное использование водных ресурсов на национальном уровне;
е — образование искусственных водоемов за счет коллекторно-дренажных вод;
е 
— отсутствие водо-сберегающих технологий в различных отраслях народного
хозяйства;
е — неувязка интересов ирригации и гидроэнергетики;
Ухудшение качества вод связано с:
е — неэффективной работой сооружений по очистке сточных вод;
е — неудовлетворительным состоянием хвостохранилищ, предприятий горнорудной
промышленности;