В организационную структуру МКВК входят следующие исполнительные органы.
1. Бассейновые 
водохозяйственные 
объединения 
«Амударья» 
и 
«Сырдарья»,
расположенные 
в 
Ходженте 
и 
Ташкенте, 
осуществляют — регулирование
использования водных ресурсов на основе установленных МКВК лимитов и
обеспечивают 
эксплуатацию 
водохозяйственных 
сооружений,
межгосударственных каналов и других объектов на трансграничных реках.
2. Научно-информационный — центр 
комиссии — является — аналитическим 
и
информационным органом и осуществляет свою деятельность сов- местно с сетью
научных 
и 
проектных 
организаций 
пяти 
государств. 
Центр 
расположен 
в
Ташкенте, в трех государствах Центральной Азии имеются его филиалы.
3. Координационно-метрологический 
центр 
— 
создан 
с 
целью 
унификации
метрологического 
обеспечения 
и 
содействия 
автоматизации 
управления 
на
межгосударственных объектах и сооружениях на трансграничных реках бассейна
Аральского моря.
4. Секретариат МКВК — обеспечивает организацию работы комиссии, расположен в
Ходженте, Таджикистан.
5. В сферу деятельности межгосударственного органа входят вопросы повышения
квалификации специалистов высшего и среднего звена стран Центральной Азии,
для этой цели создан и действует в Ташкенте тренинговый центр.
Комиссия — Республики — Казахстан 
и — Кыргызской — Республики — по
межгосударственному использованию водохозяйственных сооружений на реках Чу и
Талас (комиссия по Чу и Таласу) создана в 2006 году в соответствии с соглашением
между 
правительствами 
Республики 
Казахстан 
и 
Кыргызской 
Республики 
об
использовании водохозяйственных сооружений на реках Чу и Талас (2000) [4]. Работу
поддерживают международные учреждения системы ООН, финансовые институты
(АБР, ЕЭК, ЭСКАТО ООН и другие).
Комиссия 
по 
Чу 
и 
Таласу 
состоит 
из 
двух 
частей: 
казахстанской 
и
кыргызстанской. Члены комиссии назначаются правительствами государств. Сессии
проводятся не реже двух раз в год. Постоянно действующий исполнительный орган —
секретариат, проводящий заседания поочередно в Казахстане и Кыргызстане. ВЕго
основные задачи: подготовка встреч комиссии, решение организационных вопросов,
разработка годовых отчетов.
Комиссией созданы рабочие подгруппы по:
а. правовым и институциональным вопросам;
Ь. распределению водных ресурсов;
с. гидротехническим работам и реконструкции сооружений;
4. экономике, окружающей среде, мониторингу и обмену данными.
Подобные 
комиссии 
или 
другие 
органы 
сотрудничества 
по 
управлению
трансграничными (международными) бассейнами созданы и действуют на многих
трансграничных реках стран ЦА [5].
Гидроэнергетика относится к электроэнергетике возобновляемых источников
энергии, в объеме электроэнергии, производимой в мире на базе возобновляемых
источников, её доля составляет 89%. Крупные ГЭС с водохранилищами, площадь
которых во многих случаях сопоставима с поверхностью больших естественных озер,
3