Амударьинский каскад водохранилищ работает согласно конкретной схеме,
позволяющей — регулировать — двумя — основными — реками — русловые
водохранилища (Нурекское и Туямуюнское). Общая емкость водохранилищ
на главной реке равна приблизительно 17 км`.
Основная схема режима регулирования стока р. Амударьи следующая.
Нурекское водохранилище обеспечивает многолетний запас воды вплоть до
створа Керки. Попуски воды зависят от изменений стока рек Вахш, Пяндж,
Кафирниган, Сурхандарья и Кундуз, а также от спроса на воду на площади
ниже по течению от Керки. Туямуюнское водохранилище работает в сезонном
режиме. Оно собирает сброшенную воду из Нурекского водохранилища и
дополнительный сток Амударьи. Попуски из него обычно начинаются в
феврале-марте.
Внутрисистемные водохранилища играют важную роль в сезонном запасе
воды: Талимарджанское водохранилище на Каршинском канале емкостью 1,5
км`, Тудакульское и Куюмазарское водохранилища на Аму- Бухарском канале.
Хаузханское водохранилище на Каракумском канале емкостью 0,9 км` Южное
Сурханское водохранилище на реке Сурхандарья общей емкостью 800 млн. м`,
водохранилища на реках Теджен и Мургаб, а также 14 водохранилищ в
бассейне р. Кашкадарьи общей емкостью примерно 1,5 км` [8].
После ввода в эксплуатацию Рогунского водохранилища на р. Вахш, оно
сможет увеличить степень многолетнего регулирования Амударьи до 0,86.
Сегодня она примерно равна 0,76. При суммарной емкости существующих
водохранилищ гарантированный объем воды в маловодные годы (90%
вероятности) может достигать 62 км`°. Завершение строительства Рогунской
ГЭС с водохранилищем и её последующее использование в хозяйственной
жизни 
региона 
сыграют 
роль 
катализатора 
развития 
не 
только 
для
Таджикистана, но и других стран ЦА. Реализация проектов Рогунской ГЭС и
строительство высоковольтной ЛЭП САЗА-1000 поможет преодолеть многие
проблемы межгосударственного характера.
Подземные воды в бассейне составляют 14,7 км°. Запасы, утвержденные
для извлечения, оцениваются в 7,1 км° в год. Общий объем фактического
извлечения подземных вод в бассейне равен примерно 4,8 км`.
Возвратные 
воды 
являются 
основным 
источником 
эЭкологического
загрязнения в бассейне. До 25% азота, 5% фосфора и 4% пестицидов,
попадающих 
в 
почву, переносятся 
в 
дренажные коллекторы с 
полей.
Концентрация этих загрязнителей в дренажной воде превышает максимально
допустимую концентрацию в 5-10 раз.
Минерализация воды в верхнем течении р. Амударьи равна 0,47...0,58 г/л,
к нижнему течению у створа Туямуюн она повышается до 0,69-0,86 г/л, а у
г.Нукуса (Саманбай) превышает 1,23 г/л. Преобладающий химический состав
сульфатно-хлоридный-магниево-кальциево-натриевый [6].
Засоление и концентрация основных ионов также высоки, увеличиваясь
от горных регионов вниз к равнинам. Участок Амударьи между Нурекским
151